论文查重软件与学术数据库的连接方式有两种：一种是通过学术数据库提供的API接口实现，另一种是通过人工下载数据库中的文献，再通过查重软件进行检测。第一种方式需要具备一定的编程技能，需要根据API文档编写程序，将学术数据库中的文献信息导入到查重软件中进行检测。第二种方式则需要手动下载数据库中的文献，再将其导入到查重软件中进行检测。不同的查重软件连接方式略有不同，但大体步骤相同。

在选择论文查重软件和学术数据库时，需要考虑两者的兼容性。一些查重软件可能只支持特定的学术数据库，需要在使用前进行确认。同时，还需要注意学术数据库的使用规定，避免侵犯版权。在使用API接口连接时，需要注意接口的调用频率，避免因频繁调用而导致账号被封禁。